沼氣發電機的余熱利用分為兩部分，一是排煙的余熱利用，二是發電機自身冷卻熱量的利用。目前，國內的發電機不提供機組自身冷卻熱量的利用，只有排煙的余熱可用。國外機組，例如GE Jenbacher的內燃機，可以提供上述兩部分的余熱利用。余熱利用有以下四種方案：
1）熱水型。利用發電機的余熱可以產生90℃甚至更高溫度的熱水。這種形式在需要供暖的北方地區可以使用。
2）煙氣型。利用煙氣的余熱配合吸收式制冷機組，可以提供冷源負荷。
3）蒸汽型。利用煙氣的余熱可以產生飽和蒸汽或者過熱蒸汽，但是沼氣發電機組的容量較小，蒸汽的產量較小。例如，一臺1MW的沼氣發電機組，可以產生1.0噸左右，蒸汽壓力為0.6MPa的飽和蒸汽，作為供汽負荷使用。
4）發電型。利用發電機的余熱，配合螺桿膨脹動力機發電。一臺1MW的沼氣發電機組，利用排煙余熱，可以配置一臺70KW的螺桿膨脹動力機發電。
目前，我國集約化養殖廠一般建在農村比較偏遠的地方，養殖場周圍沒有熱、汽用戶，冷源用戶也非常少，沼氣發電廠通常建在養殖場的附近。因此，采用發電型方案可能是沼氣發電余熱利用的最佳方式。

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